微生物肥料是不同于化肥、有機肥的一種新型肥料。它是一類以微生物生命活動及其產物導致農作物得到特定肥料效應的微生物活體制品。也就是說，含有已知的、具有特定功能的微生物，是微生物肥料產品的本質特征。產品中的這些功能微生物含量是它不同于其他肥料的核心技術參數和關鍵指標。反之，如果產品中不含有已知的特定功能微生物，就不能稱之為微生物肥料。

微生物肥料具有功效由產品中所含的微生物種類來決定。由于微生物微生物種類很多，可依據實際需要選擇不同功能的微生物菌種，生產出不同功能特點的微生物肥料產品。有的微生物產品使用后可增加作物養分的供應量，有的產品能促進作物生長，有的產品可修復和凈化土壤，有的產品能促進秸稈等有機物料的分解腐熟，有的產品可以提高作物的品質，有的產品可提高植物抗病、抗旱等抗逆能力。也就是說，某一具體的產品以其中的1~2個功能為主，同時具備以上所有功能的產品幾乎不可能。因此，我們應該按照目標需求，選用不同功能的微生物肥料產品，才能發揮出產品的功效與特點。

基于以上對微生物肥料的認識，在農業行業標準《微生物肥料術語》（NY/T 1113-2006）中，將微生物肥料定義為含有特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。這一定義明確了微生物肥料的本質特征和功效范圍。